ФНС России не ограничена в способах оценки размера необоснованной налоговой выгоды, т.к. Налоговый кодекс РФ не предусматривает закрытый перечень таких способов в целях доначисления налогов и сборов по результатам налоговых проверок и не содержит запрета на использование методов, установленных главой 14.3 НК РФ, в целях определения размера необоснованной налоговой выгоды. Необоснованная налоговая выгода в виде уменьшения налоговой обязанности предполагает ее суммовую оценку.

      В случае, если обязанность организации по уплате налога основана на изменении налоговым органом юридической квалификации сделки, взыскание налога производится в судебном порядке для обеспеченности законности доначисления таких налогов.

Источник: Письмо Минфина России от 14.01.2019 N 03-12-11/1/746.