Здравствуйте!
Если Вы будете реализовывать готовую продукцию, полученную в результате переработки, в магазине, т.е. заниматься розничной торговлей, то при осуществлении данного вида деятельности можете выбрать одну из систем налогообложения: общую, упрощенную, ЕНВД или патентную (для ИП).
Если Вы будете готовую продукцию сдавать в магазины, (продавать юр. лицам и ИП), т.е. заниматься оптовой торговлей, то при осуществлении данного вида деятельности можете выбрать одну из систем налогообложения: общую или упрощенную.