Здравствуйте!
Как следует из вашего вопроса, Вы являетесь индивидуальным предпринимателем (далее – ИП) и одновременно работником организации. В данном случае налог на доходы физических лиц (далее – НДФЛ) уплачивает работодатель за Вас по месту работы, и Вы, как ИП, уплачиваете НДФЛ только в том случае, если применяете общую систему налогообложения и сдаете декларацию по форме 3-НДФЛ.
Если Вы, как ИП, применяете иные режимы налогообложения, то в соответствии с действующим законодательством НДФЛ Вами не уплачивается.
На основании выше изложенного Вы имеете право на возврат НДФЛ в случае приобретения квартиры в зависимости от имеющихся источников выплат.